Prima del XIX sec., la presenza evangelica in Lombardia – terra di movimenti di protesta religiosa – è testimoniata dall’apertura a Milano di una Schola (1199). I “Poveri Lombardi” costituiscono una vivace comunità: la loro Schola diventa luogo di accoglienza, studio e preghiera. Con i primi roghi degli eretici (1233) il movimento valdese si disperde.

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Nei primi anni dell’Ottocento la presenza evangelica a Milano si esprime attraverso incontri privati di culto. Il 10 ottobre 1850 ha luogo la riunione di fondazione della Comunità riformata costituita da persone di origine tedesca o svizzera: imprenditori, commercianti, professionisti. Il primo pastore è svizzero e predica in italiano, tedesco e francese. La Chiesa cristiana protestante di Milano è la chiesa evangelica più antica, con il suo tempio in stile gotico-lombardo edificato nel 1864.

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I valdesi tornano a Milano solo nel 1860 quando il Comitato di evangelizzazione della Chiesa valdese con sede a Torre Pellice (TO) invia un predicatore che apre un semplice locale di culto. Nel 1861 arriva un pastore che avvia l’attività in tre direzioni: a) predicazione: culti mattutini e serali; b) diffusione della stampa evangelica: deposito di libri di fronte all’Arcivescovado e allestimento di un “carro biblico”; c) istruzione: scuola domenicale e scuola elementare, diurna e serale. Si aprono altri locali di culto ma molte riunioni si tengono in case private.

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Nel 1861 la Società missionaria wesleyana invia da Londra un missionario che si avvale di alcuni collaboratori: la loro opera di evangelizzazione è efficace e fin dall'inizio si registra la presenza di una comunità metodista, affiancata da un istituto per ragazze. In tre anni nasce a Milano la Chiesa metodista wesleyana. Nel 1870 la Società missionaria episcopale di New York incarica un pastore di mettersi all'opera in Italia e nel 1874 apre a Milano il primo locale di culto della Chiesa metodista episcopale, a pochi passi dal Duomo. Le vicende delle due chiese metodiste procedono in parallelo durante il Novecento.

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La presenza battista a Milano risale al 1872 e alla vicenda di George Boardman Taylor (noto come predicatore battista e animatore della missione cristiana all'estero) che una mattina, durante una visita al Duomo, venne interrogato circa lo stato della religione cristiana in America. Aprire un locale di culto, in luogo accessibile a tutti, fu una delle difficoltà maggiori incontrate dalle comunità protestanti a Milano e in Italia, insieme all’esperienza della nascente unità politica del paese.

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Il tempio valdese di San Giovanni in Conca, in piazza Missori, viene inaugurato nel 1881. La basilica è trasformata per il culto riformato: pulpito e tavola per la Santa Cena nell'abside e galleria posta sopra l’entrata per l'organo. L'Asilo evangelico - che funge da ospedale - viene fondato nel 1874 su iniziativa delle Diaconesse di Zurigo e della Chiesa riformata svizzera di Milano. I valdesi sostengono l'opera con dedizione: cura ed assistenza sono per tutti, evangelici e cattolici. Nel 1884 la Chiesa valdese di Milano conta 251 membri, 131 bambini alla scuola domenicale, 22 catecumeni, con alta frequenza ai culti.  Nel 1895 la Chiesa cristiana libera di Milano aderisce alla Chiesa valdese.

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Da allora, le Chiese evangeliche milanesi sono presenti in città con diversi luoghi di culto e collaborano attivamente in diverse occasioni, organizzano iniziative insieme al Centro culturale protestante. In città svolgono un'intensa attività religiosa, culturale e sociale.