Nacque il 10 novembre 1483 ad Eisleben (in Sassonia) da Hans Luther, minatore, e da Margarethe Lindemann.

Di famiglia di minatori modesta, religiosa e severissima nell'educazione dei figli. In seguito alla riforma sposò poi l' ex-monaca Katharina von Bora.

Nel 1497 Lutero frequentò la scuola di latino a Magdeburgo presso i Fratelli della vita comune, un'associazione religiosa d'origine medievale.

Per volontà del padre, si iscrisse all'università di Erfurt (1501) dove conseguì il titolo di Baccalaureus artium.
Fu nella biblioteca di questa università che Lutero lesse per la prima volta la Bibbia: «Mi piacque moltissimo», disse «e volevo ritenermi abbastanza fortunato da possedere un giorno quel libro».

Il 17 luglio 1505, a ventidue anni, Lutero entrò nel convento agostiniano di Erfurt e fu ordinato sacerdote nel 1507, nonostante la contrarietà del padre, non convinto della sua vocazione.

Il giovane monaco si dedicò agli studi teologici ed alla pratica delle virtù monastiche a cominciare dall'umiltà.

Johann von Staupitz, il vicario generale dell'ordine, fu attratto dalle capacità e dalla disciplina del giovane e lo segnalò al principe elettore Federico III di Sassonia, detto il Saggio, che aveva appena fondato l'Università di Wittenberg e cercava nuovi insegnanti.

Nel 1508 Lutero iniziò l'insegnamento della dialettica e della fisica leggendo e commentando l'Etica Nicomachea di Aristotele all'università di Wittenberg, quindi diresse le disputationes degli studenti. Proseguì poi i suoi studi di teologia e delle scritture. Nel 1510 fu inviato a Roma in rappresentanza del convento agostiniano di Erfurt per questioni interne all'Ordine. Il 19 ottobre dell'anno seguente si laureò in teologia.

Nel 1513 iniziò le lezioni sui Salmi all'università di Wittenberg.

L'anno successivo papa Leone X concesse l'indulgenza plenaria ad ogni fedele che dopo la confessione e la comunione avesse fatto un'offerta per la costruzione della basilica di San Pietro a Roma.

Nell'anno 1515 Lutero fu nominato, dal capitolo degli Agostiniani, vicario generale dei numerosi conventi del distretto della Misnia e della Turingia, e secondo la consuetudine il vicario generale Staupitz lo invitò ad accompagnarlo in visita a molti di questi importanti monasteri. Nello stesso anno iniziò le lezioni sull'Epistola ai Romani.